A História da cidade de Aparecida se confunde e se mistura com a História da Santa Padroeira do Brasil, Nossa Senhora da Conceição Aparecida. Teve seu início em meados de 1717, quando chegou a notícia de que o Conde de Assumar, Dom Pedro de Almeida e Portugal, Governador da Província de São Paulo e Minas Gerais, iria passar pela pequena Vila de Guaratinguetá, a caminho de Vila Rica, atual cidade de Ouro Preto. Entre outras providências, era necessário que pescadores da região trouxessem do Rio Paraíba quantospeixes lhes caíssem na rede, a fim de promoverem o banquete que deveria servir ao ilustre visitante e à sua comitiva, composta por auxiliares e muitos escravos. Grande quantidade de pescado deveria ser salgada para quando estivessem viajando pelo descampado das Minas Gerais até Vila Rica. Pretendia-se mostrar a Dom Pedro os recursos do pequeno vilarejo. Mesmo não sendo boa época para a pesca, pescadores foram convocados; entre eles Domingos Garcia, João Alves e Filipe Pedroso.
Colocaram suas canoas no Rio Paraíba, jogaram a rede várias sem sucesso; pararam desanimados e abatidos pelo cansaço no Porto Itaguaçú. Numa última tentativa, João Alves jogou mais uma vez sua rede, e sentiu algo pesado ao puxar as primeiras malhas. Surpreendeu-se ao puxá-la e encontrar uma imagem sem cabeça, com anjos esculpidos ao redor dos pés. Espantado, lançou novamente a rede e o que veio à tona foi a cabeça da imagem, que se ajustava perfeitamente ao corpo anteriormente encontrado. Após encontrar, e reunir, o corpo e a cabeça da imagem de Nossa Senhora da Conceição, os peixes surgiram em abundância, para os três dedicados pescadores.
Durante quinze anos, a imagem foi protegida por Filipe Pedroso e sua família, em sua casa, onde se reuniam vizinhos e parentes para rezar e adorar a Santa, que se tornava conhecida pelos milagres que realizava. Atanásio Pedroso, filho de Filipe, construiu um oratório para a Santa, que logo se tornou pequeno, devido ao grande número devotos que por ali passavam. Por volta de 1734, o Vigário de Guaratinguetá, com autorização do Bispo do Rio de Janeiro, construiu a Capela do Morro dos Coqueiros, aberta à visitação pública, inaugurada em 26 de junho de 1745. Porém, o número de devotos aumentava, e exigia uma igreja maior, cuja construção iniciou-se em 1834 e foi concluída em 1888, sendo elevada a Basílica Menor, em 29 de abril de 1908.
O Distrito de Aparecida foi criado pela Lei Provincial nº 19, em março de 1842, recebendo foros de Vila. Vinte anos depois, em 17 de dezembro de 1928, a Vila que se formou ao redor da Capela do Morro dos Coqueiros tornou-se município, emancipando-se de Guaratinguetá, pela Lei nº 2.312, elevando sua sede a categoria. Em 1929, Nossa Senhora foi proclamada Rainha e do Brasil e sua Padroeira Oficial, por determinação do Papa Pio XI.
O crescente aumento do número de romeiros e de devotos a Nossa Senhora da Conceição Aparecida fez com que surgisse a necessidade de construir-se um templo bem maior. Por iniciativa dos Missionários Redentoristas e dos Senhores Bispos, teve início em 11 de novembro de 1955, a construção do Santuário Nacional de Nossa Senhora da Conceição Aparecida, o maior Santuário Mariano do mundo.
A planta, elaborada pelo arquiteto Benedito Calixto de Jesus, reúne um conjunto arquitetônico em forma de cruz de Santo André. Em 1980, ainda em construção, foi consagrada pelo Papa João Paulo II, recebendo o título de Basílica Menor. Foi declarada oficialmente, em 1984, pela Conferência Nacional dos Bispos do Brasil - CNBB - Basílica de Aparecida Santuário Nacional.